В Институте готовят специалистов первой ступени высшего образования по специальности «Теология» и второй ступени высшего образования (магистратура) по специальности «Религиоведение, философская антропология, философия культуры».
Образовательная программа предусматривает изучение студентами следующих циклов дисциплин: гуманитарной, филологической, психолого-педагогической, теологической и религиоведческой подготовки.